系统性红斑狼疮是属于常见的自身免疫性的疾病，人体的免疫系统出现的异常产生了各种抗体，对人体多个器官和组织产生损害，其临床症状是很广泛的，所以本病的临床症状特别容易跟其他疾病混淆。有发热、皮疹的应与皮肌炎、成人斯蒂尔病、系统性血管炎、感染性疾病及肿瘤性疾病等相鉴别；以关节炎为主的应与类风湿关节炎、急性风湿热等相鉴别；以肾脏受累为主的应与原发性肾小球疾病相鉴别。下面详细介绍给大家。
1.系统性红斑狼疮的患者很容易跟多发性的肌炎混淆，多发性肌炎一般都会出现关节疼痛，还会出现肌肉酸痛无力等。但是系统性红斑狼疮虽然也会有皮肤和肌肉的变化，但是肌无力和肌肉疼痛症状比较轻，到医院去做检查的时候会发现肌酶谱一般都是正常的，肌电图也并没有特异性的改变。
2.系统性红斑狼疮一般都会导致人体出现关节疼痛红肿等症状，这些症状特别容易跟类风湿性关节炎混淆，但是类风湿性关节炎主要是指人体关节和周围的组织出现非化脓性的炎症，关节病变是持续性的病理程度比较严重，有的患者甚至晚期还会出现关节畸形的症状。系统性红斑狼疮患者会出现关节疼痛，但是关节的病变是属于非侵蚀性的。
3.系统性红斑狼疮与类狼疮综合征鉴别。其中最常见者为药物引起的系统性红斑狼疮。本综合征可见类似于系统性红斑狼疮的一些症状、体征以及实验室检查结果，有时难以区别。以下一些情况有助于鉴别：服用有的关药物时，性别差异不明显，临床症状轻，内脏受累，肾脏病变，蝶形红斑、口腔溃疡、脱发，以及白细胞、血小板都是减少，低补体血症均少见，抗Ｓｍ抗体和抗双链ＤＮＡ抗体阴性。最主要的特点是本综合征停药后临床症状和实验室征象消失，如果再用这种药的时候就会复发，抗核抗体存在时间较长，一般预后比较好。