小儿假膜性肠炎的治疗，第一个就是停用抗生素，一旦诊断明确应该立即停用原来的抗生素，引起假膜性肠炎的抗生素常见的有氨苄西林、青霉素、头孢菌素、林可霉素等，轻症患者停药48小时左右症状会明显缓解，一般七到十天会自愈，但是严重的病例可能需要时间比较长，对于单纯腹泻的患儿一般是无需治疗的，可以吃一些益生菌，比如双歧杆菌、乳酸杆菌等等，调节肠道的正常菌群，可控制临床症状。
如果不能口服给灌肠或者是胃管注射也是可以的，但是对于腹泻严重的患儿要注意水和电解质的紊乱，对于一般病情较重或者停用原先使用的抗生素48小时病情仍然没有好转的患者，才敢用其他的抗生素治疗，易口服在肠道不容易吸收的，而且不容易诱发梭状芽孢杆菌肠炎的这些抗生素，应用剂量要大，疗程要长，才能达到清除病原菌，防止复发的目的。