肛周湿疹反复发作，治疗上可口服或注射抗过敏药物。口服氯雷他定、西替利嗪，静脉注射钙剂和维生素C，炎症较重时可使用激素治疗。伴有感染、发热、淋巴结肿大的可适当应用抗生素。肛周局部可外涂治疗湿疹的药膏、氢化可的松软膏、派瑞松。
对治疗无效的慢性湿疹，可采用手术治疗，术式有长效麻醉剂做肛周皮下封闭术，或肛周皮下神经离断术等。
平时生活中要避免食用刺激性食品，避免长期腹泻，造成大便酸碱度的改变，造成对肛门的刺激作用，每日及时清洁肛门及更换内裤。