排便困难是耻骨直肠肌综合征的常见症状。如果症状比较轻，可以采取药物保守治疗的方法。饮食上多食含纤维素丰富的食物、多饮水、多活动以及自行练习提肛运动等。
如果大便困难的情况比较严重，还可以给予缓泻剂口服，必要时可以使用灌肠通便的方法治疗。此外还需要根据引起耻骨直肠肌综合征的病因治疗，比如感染的情况。
对有明显肌肥大、肛管显著延长、长期保守治疗无效者，也可以采用手术治疗。手术后注意定期换药，预后较好，就可以了。