巯甲丙脯酸肾损害的治疗原则就是根据患者的临床表现，来采取不同的治疗方式。在治疗的过程中，首先必须要停用巯甲丙脯酸药物。如果只是轻度肾功能减退，通常停药以后肾功能可以完全恢复。
如果患者表现的是持续性的少尿或者无尿超过2天以上，肾功能进行性的恶化，伴有心慌胸闷、恶心、呕吐、水肿。需要考虑紧急透析治疗，既可以采取血液透析，也可以采取腹膜透析。
同时在饮食方面一定要低盐，每天盐的摄入量约为2~3克，同时要补充充足的热能，避免患者出现负氮平衡，加重患者消化道不适的症状。如果肾活检病理检查提示肾间质有弥漫性的炎症细胞浸润，可以使用糖皮质激素进行治疗，但激素使用时间不宜过长。