艾滋病患者腹泻持续时间因分期不同而不同。艾滋病可以分为急性期、无症状期和艾滋病期，这三个时期均会出现腹泻症状。
在急性期，由于病毒血症作用会出现腹泻症状，一般持续1~3周可以缓解。在急性期除了腹泻外，以发热症状最为常见。在无症状期，无明显艾滋病症状。如果合并肠道感染，也会出现腹泻，通过治疗，腹泻1周~2周可以缓解。
在艾滋病期，会出现艾滋病相关症状，表现为腹泻。慢性腹泻会持续在1个月以上，每日腹泻3次以上。