胃肠间质瘤没有特异性的临床表现不少患者是由于其他原因被偶然发现的，如有症状，则取决于肿瘤的部位、大小和生长方式，最常见的症状是腹部隐痛不适，其次是腹部包括胃肠道出血和不明原因的贫血，病程可短至数天，长达数年，发生于食管者，可出现吞咽困难，位于小肠者，偶可表现为肠梗阻，位于截止长者，可表现为便血、排便困难、亲戚膀胱或者膀胱直肠凹时可出现尿频、排尿不畅和坠胀感，其他症状有食欲不振、体重下降或增加腹腔积液、黄疸等。个别患者出现长期的腹泻。常见的远处转移的部位是肝脏、锁骨上淋巴结，不常见的这个转移有肺和脑，还有骨转移，非常的少见。