治疗疱疹性咽峡炎可以服用一些抗病毒的药物进行治疗，然后在咽部喷一些清咽、利咽的喷雾剂，从而减轻咽部的疼痛症状。
当患者出现发热的症状时，并且体温在38.5℃以上，可以服用一些退热药物，如果患者合并细菌感染时，需要根据具体的症状服用抗生素类的药物治疗。疱疹性咽峡炎是由于肠道病毒引起的急性传染病，好发于春、夏季节，需要适当的休息，合理饮食，在对症治疗后大概2个星期左右就可以治愈了。
平时要注意口腔部的卫生，可以用淡盐水漱口，多喝水，适当补充维生素。不要受凉感冒，可以吃一些富含蛋白质的高热量食物。