治疗新生儿气管食管瘘的最佳办法是采取手术治疗。一旦确诊，在保证新生儿安全的情况下，建议最好是尽早采取手术的方法来治疗，这也是唯一的治疗方式。
新生儿气管食管瘘大多是先天发育异常所导致的，使得气管与食管之间出现了瘘道，患儿在吃奶的时候容易出现剧烈的咳嗽，并伴有有痰、发热等其他症状。确诊以后尽早的进行手术治疗，根据病情来做瘘管的修补手术。
术后注意护理，避免感染，如果出现了吞咽困难、胃食管反流、咳血、咳痰、发烧等症状，一定要及时的去医院治疗。