射精时左侧腰痛的可能原因是该侧腰部肌肉受到损伤，或者是性前曾有左侧腰部损伤未愈，性过程中肌肉运动量相对较大、体位选择不当或动作过猛，容易造成一侧或两侧肌肉受损，发生损伤性疼痛感，也可加重原有未完全修复的损伤疼痛。
另外，腰椎退行性变导致左侧腰部神经受压也可引起疼痛感。
射精左侧腰痛的另一原因跟附属性腺体感染有关，由于患有前列腺炎或精囊炎等感染性疾病未达到确切的抗炎治疗，射精时可导致腰部牵涉性疼痛感。