口腔溃疡口服消炎药物，首选头孢类抗生素和阿莫西林类药物，同时也可选择甲硝唑、奥硝唑以及替硝唑等抗厌氧菌感染的药物治疗。其中消炎效果较好的为奥硝唑，其药物副作用较小，对胃肠道刺激性也较低。
如果是头孢、青霉素药物过敏者，也可选择口服罗红霉素药物治疗，还可选择氧氟沙星等喹诺酮类消炎药物治疗。
若口腔溃疡面不严重者，可选择局部涂抹冰硼散、西瓜霜喷剂等药物治疗，为避免药物副作用过大或产生过敏反应，患者需在医生的指导下使用。