小便尿道刺痛的原因有很多，常见的原因是尿道炎。
主要是因为细菌及其代谢产物对尿道黏膜的刺激，引起尿道刺痛，也可以伴有尿频、尿急、血尿、尿道处有瘙痒等症状。除此之外，还有输尿管结石。有些输尿管下段结石，可以引起放射痛，可以放射至尿道、龟头处，患者在排尿时有疼痛的感觉。
慢性前列腺炎急性发作或者急性前列腺炎也可以产生尿道刺痛，主要是因为炎症刺激周围神经，导致周围组织及脏器出现疼痛，表现为排尿时尿痛，可以伴有会阴部疼痛、不适等症状。