甲硝唑的副作用以消化道症状最为常见，也有可能引起神经系统症状，或皮肤过敏反应。
甲硝唑是抗厌氧菌、抗滴虫的药物，可用于治疗阴道滴虫病、麦地那龙线虫感染，或者肠道和肠外阿米巴病等。该药物有的患者使用后因具有个体差异，对药物的耐受情况不同，则有可能出现胃肠道反应，比如恶心、食欲下降、呕吐、腹部疼痛等。
还有的患者用药后，可引起神经系统方面的副作用，比如眩晕、头痛、感觉异常、肢体麻木等。个别患者也可引起皮肤潮红、瘙痒，以及荨麻疹等皮肤过敏样副作用。