小儿疱疹性口炎和咽峡炎的区别，可以体现在多个方面。首先，两者感染的病毒类型是不相同的，前者多与单纯疱疹病毒有关，而后者则多由柯萨奇病毒所引起且存在较高的传染性。
其次，两者的病变位置也是不一样的，疱疹性口炎的发病部位，一般在口唇、舌头等处。而咽峡炎的发病部位则主要在咽峡处，包括软腭以及舌体后端等。
因两者病因以及实际症状的不同，在治疗上也多有差异，建议及早就医，确诊病况后再针对性处理。期间需积极配合医生治疗，保证患儿口腔卫生，并清淡饮食，以免加重对口腔的刺激。