小儿厌食的原因，可能和胃肠道疾病影响有关，比如：消化性溃疡及慢性肝炎，慢性肠炎和各种原因的腹泻以及慢性便秘，都可能会引起小儿厌食。
孩子身体缺乏某些微量元素和内分泌不，足也可能引起厌食，比如缺锌的孩子就会表现出厌食的表现。甲状腺功能低下，肾上腺皮质激素相对不足，也会出现厌食的情况。另外一些全身性疾病，比如结核病、贫血以及一些慢性感染性疾病，都会引起厌食。
除此之外，气候的影响，比如夏季太热、温度过高和过多的进食冷饮，影响到消化液的分泌，也会影响到孩子的食欲。