隐孢子虫病多发于艾滋病免疫功能缺陷的人，其它免疫功能低下的患者，如糖尿病患者、长期口服激素的患者也会发病。
隐孢子虫病，主要是接触到感染隐孢子虫排出卵囊的人和动物，都是该病的传染源。隐孢子虫病是通过消化道进行传播的，主要是吞食了被卵囊污染的食物和水而感染，也可以通过口腔分泌物和飞沫传播。
得了隐孢子虫病的人，表现出的症状和病情的严重程度、身体的自身免疫状态有很大的关系，有些患者会出现腹泻、粪便呈水样、腹部痉挛性的疼痛、恶心、呕吐、发热等。