心肌脓肿的危害，主要是引起严重的感染现象发生，导致患者出现败血症以及脓毒血症的发生。这是因为，心肌脓肿的发病，常常和金黄色葡萄球菌以及肺炎双球菌等化脓性细菌感染有关系。
这种细菌感染严重的情况下，会引起心肌损害，出现心肌脓肿现象发生，往往是严重细菌感染的表现。会导致患者出现反复的高烧以及血液系统损害发生，同时引起感染性休克改变，患者出现低血压以及意识模糊等现象，或者引起肝肾功能的急性损害，导致多器官衰竭。
如果感染没有及时控制，常常会引起心力衰竭，导致心脏骤停，危及患者的生命安全。