金霉素眼膏主要用于眼科的应用，例如可以治疗细菌性结膜炎、麦粒肿、睑腺炎、细菌性眼睑炎；也可以用于治疗沙眼，衣原体性的结膜炎，或者是病毒性结膜炎，预防细菌感染等等；也可以用于耳鼻喉科，例如前鼻孔出血，鼻中隔粘膜糜烂、干燥引起的鼻出血，可以每天涂两次，使用3到5天就会有效果。
除了杀菌、消炎作用，它还有滋润干燥的粘膜作用。由于其含有液体石蜡和凡士林，也可以应用于泌尿外科，包皮内板与龟头黏连，钝性分离后的辨认，可以涂金霉素眼膏每日两次，疗程是一周，可以预防再粘连。对于尿道口狭窄的男性患者，也可以在排尿后在尿道口挤入金霉素眼膏，预防尿道外口狭窄的复发。