气管镜是呼吸系统疾病常见的检查手段之一，主要是确诊气管内的一些疾病。当患者出现了咳嗽、咳痰、咳血、呼吸困难的症状时，提示患者可能有呼吸系统疾病，而胸部CT检查无明显的病变，可以做支气管镜检查来明确诊断。
可以用于肺癌，当提示肺部有结节但不明确其性质时，也可以行支气管镜检查明确是否恶性肿瘤。如果有呼吸道感染症状而肺部感染原因并不明朗的，也可以行支气管镜检查明确病因，利于疾病的诊断。
存在一些肺部疑难问题，且不能确诊是何种疾病和原因，也可以行支气管镜检查来进一步明确诊断。