巨细胞病毒临床上的感染方式有很多，可以通过医源性感染，比如器官移植、输血、心脏手术、体外循环等方式进行传播。也可以通过垂直传播，比如孕妇会通过胎盘将巨细胞病毒传染给胎儿，因此新生儿巨细胞病毒感染比较常见。
也可以通过性接触进行传播，病毒一般会存在于患者的精液、宫颈分泌物当中，可以通过性行为导致传染。
巨细胞病毒可以广泛的感染人群，目前已发现人体的粪便、尿液、眼泪、血液、唾液、阴道分泌物、子宫颈以及乳汁中都可存在巨细胞病毒。