引起结肠炎的病因很多，其中有些结肠炎是由于细菌或病毒感染引起，有些结肠炎与环境、遗传、微生物和自身免疫性因素相关。因此，需要对结肠炎的实际病情进行辨证治疗，不能盲目应用抗生素。
如果是细菌感染引起的结肠炎，可以使用青霉素或头孢菌素类抗生素，因为胃肠道内的细菌虽然种类繁多，但主要以大肠埃希菌等革兰氏阴性杆菌为主。
但是，如果是微生物或病毒等引起的结肠炎，还需要进行正规的杀虫、灭菌和抗病毒等治疗，甚至有些类型的结肠炎不需要使用抗生素。