小儿发热39度是属于高热的范畴，可以口服布洛芬混悬液或者是对乙酰氨基酚口服液配合物理降温的方法，进行降温。
可以用酒精擦拭腋下、腹股沟、手心等部位，避免擦拭胸部及腹部，因为容易导致患儿出现腹泻的症状；多给患儿多喂水，以利于高热所引起的脱水的现象。建议正规医院化验一下血液常规检查，明确一下发热的具体病因，如果是细菌性的感染，可以进行抗细菌治疗，如果是病毒性的感染，可以进行抗病毒治疗。