乙肝疫苗第三针不打是不可以的。乙肝疫苗要按程序完成全程注射，有助于产生持久并滴度较高的乙肝表面抗体，起到预防乙肝病毒的作用。任何疫苗都包括自己独特的程序，要按程序规定时间及针刺进行接种。
乙肝疫苗注射三针为零、一个月和六个月的三针程序，注射第一针乙肝疫苗时可能不会产生抗体，注射第二针乙肝疫苗一个月机体开始产生抗体，第三针则为加强抗体。
注射第三针后抗体更为持久，这样保护期会大大延长，万不可因为注射两针乙肝疫苗后，发现产生了乙肝表面抗体，就不注射第三针疫苗。