膀胱移行细胞癌的治疗仍以手术为主，之后根据病情及临床经验判断，是否需要辅助以化疗、放疗治疗。对于表浅的膀胱移行细胞癌，可选择经尿道膀胱肿瘤电切术，或者膀胱部分切除术。
术后辅助以膀胱灌注化疗治疗，肿瘤复发几率较高，但是部分患者有治愈的可能。对于浸润性的膀胱移行细胞癌，根据患者情况可选择膀胱部分切除术，或者根治性膀胱全切术，必要时需辅以化疗、放疗。
这种浸润性的膀胱移行细胞癌，或者是晚期的膀胱移行细胞癌，预后较差，无法治愈，治疗仅能够维持生命。