妊娠期妇女甲减对胎儿的影响是非常巨大的，因为甲状腺激素影响胎儿脑发育。在妊娠前半期，胎儿的大脑处于快速发育期，大脑的主要部分和脑干大部分的神经发生都在此阶段完成，胎儿的甲状腺功能在妊娠第12周开始建立，所以妊娠前半期胎儿大脑发育所需要的甲状腺激素完全或主要来自于母体。
所以如果此阶段母亲的甲状腺激素缺乏，可导致后代不可逆的智力下降，同时甲减对胎儿的身体骨骼发育也会有重大的影响，会引起胎儿出生后身体矮小。
所以，妊娠期妇女一旦发现甲减，必须以最快的速度纠正甲状腺功能。