巨结肠手术后遗症有以下几点，
第一吻合口瘘，会局部出现红肿、疼痛。
第二，吻合口狭窄，一般术后三周开始做吻合口扩张，以防止术后吻合口狭窄，可使用扩张器。
第三，吻合口出血。吻合口出血一般在术后24到48小时之内多见，以便血为主要症状。
第四，大便次数增多。由于切除了结肠，导致患者大便稀，次数增多，每天可达7到12次。术后6到9个月以后，大便次数会逐渐减少，并恢复正常。
第五，有可能会出现小肠、结肠炎。一过性的小肠、结肠炎，可予口服甲硝唑控制炎症。