慢性附睾炎的手术方式与感染的严重程度有关。如果只是局部出现了脓肿，主要是以引流手术为主，将脓肿切开，对脓液进行引流，在术后需要使用抗感染的药物进行治疗。
如果感染特别严重，导致附睾局部已经出现了坏死，有进一步恶化的风险，在必要时应进行附睾局部切除或者是整体切除手术，但是在术后会影响到男性的生育能力。
因此，在出现慢性附睾炎以后，在早期就应该进行针对性的治疗，主要是以药物治疗为主，比如抗感染的药物、镇痛类的药物，避免慢性附睾炎进一步的加重。