胶囊内镜检查主要的优势在于小肠部位的检查。因为上消化道我们可以通过胃镜检查观察食管、胃以及十二指肠病变。下消化道的直肠和结肠，我们通过结肠镜可以检查到。但是中间的小肠通过胃镜和肠镜是不能观察的。所以检查的方法就仅限于胶囊内镜或者小肠镜。胶囊内镜对于小肠部位的检查是具有一定优势的。但是由于胶囊在口服以后是随着肠道的蠕动前进过程中进行拍照。胶囊在吞下咽入到消化道以后不具有可控性，所以有时检查并不一定清楚全面观察到所有角度、所有的病变。有时候会造成病变的遗漏。另外胶囊内镜检查过程中，如果患者本身由于病变存在肠道的狭窄或者是梗阻或者病人有消化道动力障碍，那么胶囊在胃肠道内停留的时间会比较长，甚至会有可能通过狭窄肠段时不能够通过而滞留于狭窄的近端。这种情况下就需要外科手术治疗。另外如果病人由于严重的消化道动力障碍导致胶囊在胃肠道内停留时间过长，就无法完成全小肠的摄影。这是比较常见的胶囊内镜的副作用和缺点。