在临床上，肺结核患者中有1%到4%并发肾结核，结核菌通过血液、尿路，淋巴管和直接蔓延四种路径可以到达肾，前两者比较多见。临床肾结核90%为单侧，肾结核主要在肾外层，早期并不引起临床症状，但尿中可以查出结核菌，称为病理性肾结核。当抵抗力低下时，结核菌侵入肾小球毛细血管壁到达肾小管，在肾髓质皮层形成结核病灶，蔓延至肾乳头，肾盏，肾盂发生结核性肾盂肾炎，引起临床症状称为临床肾结核。
肾结核早期病变为结核结节，逐渐扩大融合中心坏死，可以出现干酪空洞，最终成为结核性肾脓肿。临床出现尿频、尿痛、血尿、脓尿，肾虚疼痛及发热消瘦、贫血等症状，24小时尿沉淀物直接涂片可以发现结核杆菌，x线可见肾实质钙化，静脉肾盂造影可以发现中晚期肾结核患者肾结构异常，一旦确定肾结核应立即规律治疗。