肾小管性酸中毒分为：Ⅰ型，远端RTA；Ⅱ型，近端RTA；Ⅲ型，兼有I型和Ⅱ型RTA的特点；Ⅳ型，高血钾型RTA。于其它疾病引起的继发性肾小管性酸中毒，首先应治疗原发性疾病。
如果原发性疾病可以得到治愈，肾小管性酸中毒也可随之治愈。对原发性疾病不能根治者，则只能和遗传性肾小管性酸中毒一样采取对症治疗，补充碱剂以纠正酸中毒。
与近端RTA不同，补碱量较少，但仍然需要补充足够的碱以平衡酸的产生。常用枸橼酸钾，也可以用碳酸氢钠控制血钾。