由于睾丸穿刺手术是在麻醉状态下进行，因此在手术过程中通常不会有疼痛感，在麻醉药物消失后，可能会有轻微的不适感，通常持续时间不会太长，会自行缓解。如果手术后的疼痛感比较剧烈，可通过服用一些抗炎、止痛的药物予以缓解。
进行睾丸穿刺手术前，患者也要做好心理准备，要充分有效的注射麻醉药物，在手术过程中避免对睾丸反复的挤压和专刺，以减轻患者痛苦。
做完睾丸穿刺手术后，患者应多注意休息，禁止性生活，避免手淫，注意生理卫生，在一周后可进行性生活。