移植物抗宿主病，如果是进行积极的治疗，部分患者有可能治好。但是也有少部分的患者有可能会预后不良，通常包括病人出现了重度的黄疸、顽固性腹泻以及血便、肠绞痛或者出现严重的全身症状的患者。
移植物抗宿主病根据移植后发生的时间，可以分为急性的移植物抗宿主病和慢性的移植物抗宿主病，急性的移植物抗宿主病，通常可以使用甲基强的松龙静脉注射。
而慢性的移植物抗宿主病，可以使用强的松龙加硫唑嘌呤来进行治疗。如果是病人出现了血小板减少，而且骨髓巨核细胞也减少，也可以使用强的松龙加环孢素a来进行治疗。