肉芽肿性乳腺炎其实是自身免疫性疾病，不完全是细菌感染引起的，所以治疗会比较困难。
因为往往乳腺炎来就诊的时候，医生会首先考虑是一个细菌的感染，会给予一个抗菌药物的治疗。肉芽肿性乳腺炎对抗菌药物是不敏感的，往往治疗以后没有效果，或不是很明显。
至于肉芽肿性乳腺炎具体的治疗，目前也是在摸索阶段。因为大家逐渐意识到这个非哺乳期乳腺炎中存在这种情况，一般建议是取得穿刺的病理，来确定是肉芽肿性乳腺炎。需要给予特殊细菌的治疗，也可能会给予抗结核的治疗，这样会取得一个比较好的效果，但是也是在摸索当中。