肾结核的预后与许多因素有关，如泌尿系统外结核的一般情况。如果肾结核患者的总体情况良好，则结核病轻而稳定，肾结核的治疗效果更好，如果全身状况不佳，并有其他严重结核病，肾结核的预后将不会很好。
膀胱结核的存在与否，也与肾结核的预后和恢复程度密切相关，对侧肾脏是否患有结核病，也与治疗的时机和正确性有关。
目前随着抗结核药物的不断发展，肾结核的治疗发生了显著变化，大多数病例可以通过合理的抗结核药物治疗治愈。早期诊断和及时准确的治疗是肾结核治疗的关键，当然，肾结核一定要长期随访。