严重的手足口病可能会引起并发脑膜炎疾病。当宝宝患有手足口病时如果病情严重、发展迅速少数患儿可能会出现脑膜炎、脑炎等中枢神经系统疾病，可以表现为头痛、恶心、呕吐，呕吐呈喷射样，伴有不同程度的烦躁及张力减低或增强以及颈项强直等。
手足口病常见的其它严重并发症还有心肺功能衰竭、肺水肿等。
对于脑膜炎、脑炎等神经系统受累症状较为严重的患儿，经过积极治疗病情好转后少数的病例可能会留有神经系统后遗症，因此当宝宝患有手足口病时家长要引起重视，尽早前往医院儿科就诊这样才能更好地明确具体病情，积极治疗并评估治疗效果，避免和减少后遗症的发生。