由于肛瘘绝大多数是起源于肛周脓肿，是由于肛周脓肿破溃或者经切开引流所产生的后遗症，所以预防肛瘘的主要方法就是预防肛周脓肿的产生。
一、要注意洁净饮食，避免辛辣刺激性的食物。
二、要定时排便，养成良好的排便习惯，防止大大便干结，造成排便困难，损伤肛管而引起感染。
三、要保持肛门的清洁，养成便后或者睡前清洗肛门的习惯。
四、在肛门检查时要注意动作轻柔，切岂粗暴，以免损伤肛门。
五、要积极治疗全身性疾病，比如糖尿病，应控制血糖，避免血糖过高而增加感染的风险。