男性乳腺发育症的治疗方法，主要是药物和手术治疗。对于已经发现有明确病因的患者，要着重治疗原发病，长期营养不良恢复营养后发生的乳腺发育症，可自行逐渐消退，无需治疗。去除病因后，乳腺发育会在数个月内自然缓解，不必采用针对乳腺发育的措施。
相反，如果乳腺发育持续时间已经长于一年，则自然消退的可能性极小。药物治疗对于新发的、处于增殖活跃期的乳腺发育症疗效较好，如果病程超过一年，药物治疗的疗效差，应选择手术来切除乳腺组织。药物的选择首先是睾酮可以治疗睾丸功能减退症，也可以应用抗雌激素药物来治疗乳腺的发育，常用的药物有氯米芬，他莫昔芬等。