慢性结肠炎的治疗方法，主要是抗感染治疗和免疫治疗。慢性结肠炎又分为普通细菌感染所引起的结肠炎和溃疡性结肠炎。
如果患者是普通细菌感染所导致的慢性结肠炎，应该根据其大便培养的具体结果，采取针对这种细菌所敏感的抗生素治疗，包括口服抗生素、静脉使用抗生素，或者是灌肠使用抗生素。另外也要考虑患者可能有肠道菌群紊乱，可以口服一些益生菌。
而溃疡性结肠炎则是一种自身免疫性疾病，在合并细菌感染的时候，同样需要用到抗生素，同时还要用柳氮磺胺吡啶进行免疫治疗。