引起小儿腹泻的原因为感染性和非感染因素。
感染性的常见于病毒、细菌、真菌和寄生虫感染引起，以病毒和细菌最为多见。病毒常见的有轮状病毒和诺和病毒，而细菌感染引起的则多见为大肠埃希菌和空肠弯曲菌引起。
非感染性的因素多见与喂养不当引起的小儿腹泻。当然对牛奶、蛋白过敏，大豆过敏也可以引起小儿腹泻。继发双糖酶缺乏，也可以引起小儿腹泻，气候变化导致腹部受凉，也是引起小儿腹泻的常见原因。
只有分析出小儿腹泻的原因，才能对症治疗治疗，小儿腹泻效果就很好。