头孢类药物的副作用，常表现在胃肠道方面，比如患者服药后有可能会出现反胃、恶心、呕吐或者腹泻等。有部分患者使用这类药物，可引起过敏反应，如皮肤潮红、瘙痒、起皮疹等。
头孢类药物的副作用，还可表现在血液系统方面，可引起中性粒细胞减少、白细胞以及血小板减少，引起低凝血酶原血症。
通常头孢菌素类的药物，比较严重的副作用较为罕见，但也有引起过敏性休克，甚至导致死亡的风险。所以使用这类药物时，也需要多注意对头孢菌素类药物的使用，患者一定要遵医嘱用药。