肛门闭锁术后恢复良好，可以和正常人一样。
但不是所有的肛门闭锁术后都和正常人一样，绝大多数肛门闭锁术后恢复较好，排便功能可以和正常人一样。部分较重的肛门闭锁，尤其是肛管同时与泌尿系统和生殖系统相通的，术后可能会出现排便、排尿功能不正常，或可能需要行永久结肠造口，即永久的挂袋。
肛门闭锁是先天性发育障碍所致的畸形，表现为出生后会阴区没有肛门，婴儿无法排便，或粪便自尿道或阴道排出，所以必须在出生后立即手术治疗。