腘窝囊肿和滑膜囊肿有以下的区别：
第一，是发生的部位，腘窝囊肿是发生于膝关节后方腘窝处的囊性的肿块，而滑膜囊肿可以发生在人体的各个关节，比如肘关节、膝关节以及肩关节。这些关节处有滑囊，就可以导致滑膜囊肿。
第二，是发病原因不同，腘窝囊肿常是由于膝关节的外伤之后，导致膝关节后方肌腱或者是关节囊的囊性的肿块，而滑膜囊肿可以是由于外伤、结核、类风湿等因素而导致滑膜的囊性的病变。
第三，是治疗方法不同，腘窝囊肿如果比较小或没有症状可以不用治疗。当腘窝囊肿比较大，出现了疼痛以及关节活动受限时，可以手术治疗。滑膜囊肿多数需要手术治疗，才能够祛除病变。