根尖囊肿由根尖肉芽肿发展而来，也可能是慢性牙槽脓肿发展而来。根尖囊肿生长很慢，多无自觉症状，由于患牙牙骺已坏死，牙体变色、呈深灰色、牙体无光泽，囊肿大小可由腕豆大到鸡蛋大，小囊肿不易发现，增大时才被发现。
根尖部的龈黏膜呈半球形隆起，手压时像有乒乓球感，有弹性，囊肿压迫邻近牙时，有松动或移动。
手术摘除囊肿，并处理病灶牙，较小根尖囊肿亦可通过常规根管治疗及根尖切除术，保留患牙。术后肿胀是因为塞有浸泡药水的纱布，所以不用特殊处理，等拆线后会慢慢缓解。