扁桃体结石形成的具体病因和发生机制，目前并不是很明确，有可能是和长期慢性炎症刺激有关，也有可能是和隐窝口堵塞有关。
扁桃体结石就是在扁桃体病理状态下出现的结石，在医学上称这种情况是营养不良性钙盐沉积。有可能是因为长期慢性扁桃体炎症引起，也有可能是因为平时不注意口腔卫生，经常不漱口、不刷牙，食物残渣会长期滞留，导致隐窝口堵塞，长期脱水之后就会形成钙化样的结石。
扁桃体结石不严重时，一般会自己脱落或由医生挑出。如果比较严重，最好能够做扁桃体完整切除。