部分睑板腺囊肿有可能会自愈，也有部分睑板腺囊肿不会自愈，要结合患者的年龄、个人身体素质、囊肿大小、护理是否得当等情况综合分析。
如果患者身体素质好，睑板腺功能正常，且睑板腺囊肿较小，及时采取有效的治疗方式，是有可能会自行吸收。
如果患者年龄偏大，患有高血压、糖尿病、干眼症等基础疾病，睑板腺阻塞明显，囊肿逐渐增大，需先采取保守治疗方案，给予恰当的热敷和药物点眼治疗。保守治疗效果不佳，可考虑手术切除，一般无法自愈。