含牙囊肿不会是恶性的。
因为所谓的含牙囊肿是因为牙齿在发育过程中，形成牙齿的牙板剩余上皮残留在颌骨内，在各种外界刺激的作用下，这些残留的牙板上皮分泌液体，刺激周围骨吸收形成的一种囊性病变。这种病变本身并不是真性肿瘤，它连肿瘤都算不上，就更不会是恶性肿瘤。含牙囊肿本身是一种囊性病变，治疗一个是要把包含的牙齿去掉，另外一个是尽可能把形成的囊壁刮干净。只要这样，这个病变就可以根治。
实际在临床工作中含牙囊肿复发的概率很低，也没有见到含牙囊肿因为复发出现恶变而危及生命的情况。所以对含牙囊肿患者，只要通过X线片的检查及时发现病变，选择正确的、积极的手术治疗，最终多数患者是能得到良好的控制和根治的。