在通常的情况下，氯气中毒以后会有不同程度的后遗症，其中最主要的后遗症会出现神经系统的问题，导致头晕、头疼、视物模糊、视物不清、眼前一过性黑蒙等临床症状和反应。
氯气中毒以后的后遗症，还包括会出现不同情况的心悸、胸闷、气短、心前区不适。还有一部分会有反酸、烧心、恶心、呕吐、腹胀等消化系统的后遗症。但是，对于神经系统后遗症相对会比较明显，有时会有植物神经功能失调、植物神经功能紊乱等情况。
氯气中毒以后严重时还会有重度的神经衰弱，表现出休息和睡眠的质量极差，尤其是严重失眠、多梦。由于营养吸收、代谢相对减弱，氯气中毒时还会导致消化不良的后遗症。