肛瘘手术并不是小手术。虽然手术原则主要是将肛瘘瘘管切除或者进行切开引流，但是由于肛瘘患者病情复杂程度不同，所以手术情况也会有所差异。
对于病情较轻的患者，采取上述治疗措施就可以治愈病变。对于病情复杂的患者，往往需要结合中医挂线疗法等手术措施，从而减轻对肛管括约肌的损伤，治愈病变情况。
另外，在患者手术以后，也需要定期随诊复查，监测手术后的恢复情况。部分患者由于没有注意术后复查，导致手术区域外部愈合而内部空虚，形成假愈合的情况，会导致脓肿病变或者肛瘘病变复发，从而导致手术失败。