肛瘘不治疗会导致病情经久不愈，外口有可能形成假性愈合，还有可能发生自行破溃流脓、流液。炎症继续蔓延有可能肛周局部皮肤会出现感染，从而形成肛门炎、肛周湿疹等。
早期形成的单纯性肛瘘，如果没有得到有效的治疗会导致病情越来越严重，形成多个外口和多个内口、多条瘘管，最终形成复杂性的肛瘘，给治疗带来困难。
因此，一旦形成肛瘘要引起重视，在早期形成时要积极配合医生做手术治疗，低位的肛瘘直接做肛瘘切除术，如果是高位的肛瘘可以进行肛瘘挂线术。