真菌感染性肠炎，经过积极治疗可以治愈，但是由于每个人的体质不同，其复发几率也是因人而异。临床上真菌性肠炎的发病率比较低，一般多见于一些免疫力低下的患者，可能和患者长期使用抗生素类药物、免疫抑制剂等药物有关。
当患者不注意饮食卫生时，多会通过消化道途径受到感染，临床上真菌性肠炎以白色念珠菌感染较为多见，治疗方面多需要使用制霉菌素等抗真菌药物进行治疗。
治疗期间患者要注意清淡饮食，可以适当的吃一些高热量、高维生素和低脂肪的食物，需要补充水及电解质，患者本身存在一些免疫缺陷性疾病，是导致真菌性肠炎复发的主要病因。